מחקר תולדות הרפואה של ארץ ישראל החל כפרויקט משותף עם פרופ' אפרים לב, כיום באוניברסיטת חיפה והטכניון. במסגרת זו הקמנו את 'המדור לתולדות הרפואה', שליד המחלקה ללימודי ארץ ישראל באוניברסיטת בר אילן. המדור עוסק בהוראה ובמחקר על אופי הריפוי שהיה קיים בישראל בתקופות הקדומות; למן תקופת המקרא, המשנה והתלמוד, ימי-הביניים ועד לעת החדשה. המחקר דן גם בתיאור המרפאים והכשרתם, מחלות שכיחות והתרופות השכיחות. הפרסומים הראשונים היו על הרופאים והתרופות בירושלים לדורותיה. מחקרים נוספים הוקדשו לאישים מפורסמים מענף הרפואה והעשבונאות בימי הביניים ובהם אבן אלצורי, והספרדים: ר' יונה אבן ג'נאח, אבן בכלארש (בחיבורו אלמסתעיני), אבו אלעבאס אלנבאתי ואבן אלביטאר.
הפעילות בתחום זה כוללת הנחיית תלמידי מחקר ופרסום מאמרים וספרים. ההתמחות העיקרית היא בתחום "חומרי המרפא" מן הצומח, החי והמחצב שהיה בשימוש הקדמונים, כפי שלמשל, נזכר בספרות חז"ל וחיבורי הרפואה בימי הביניים. חלק מחומרים אלה, בהם אנו כוללים מיני שרף, קטורת ותבלינים, היו מוצרים יקרי-ערך. לדבר זה היתה השפעה חשובה על דרכי המסחר והכלכלה של הארץ בכל התקופות. חלק מפירות המחקר על הבשמים הופיע בספר "הקטורת". פרויקט מיוחד עסק בהשבת צמח ה"אפרסמון" לארץ ישראל ובאיקלומו, שיטות להפקת שרף ובדיקת סגולותיו הרפואיות. מחקרים נוספים נערכו על שרף הלוטם, שמן מורינגה רותמית, שמן הזקום ושחזור "שמן רחץ" הנזכר בחרסי העיר שומרון מתקופת המלוכה. בנוסף, נערך מחקר תיעוד בהודו, בעיירה קנאוג', שבה השתמרו טכניקות רקיחה והפקה של בשמים בשיטות של ימי הביניים.
במסגרת המחקר יצאו לאור חיבורי רפואה שנגאלו מכתבי יד, כמו של הרופא הירושלמי אלתמימי (בשיתוף פעולה עם ד"ר ירון סרי), אנציקלופדיה רפואית בשם "צרי הגוף" לר' נתן בן יואל פלקירה וחיבור ברפואה מעשית לר' חיים בן עטר (שניהם בשיתוף פעולה עם ד"ר יעל בוכמן), פירושו של ר' יעקב צהלון הרופא להנהגת הבריאות להרמב"ם והחיבור "פרי מגדים" לרופא הירושלמי ר' דוד די סילוה. בשניםם האחרונות יצאו לאור מהדורה חדשה ל"ספר סמי המוות" של הרמב"ם (בשיתוף עם ד"ר ירון סרי) וספר הרפואות של אסף הרופא.
תחום מחקר נוסף עוסק באתנו-פרמקולוגיה, בתיעוד סממני המרפא המסורתיים הקיימות בחברות מסורתיות בישראל ומחוצה לה. מדובר בתיעוד ובשיחזור שקיעי התרבות הרפואית הקדומה, שהיא כיום בבחינת עולם הולך ונעלם. במחקר עם פרופ' אפרים לב תועדו כ- 250 סממני מרפא מסורתיים בישראל עד שנת אלפיים וכ-350 סממנים בממלכת ירדן.
מאוחר יותר ערכנו סקרים דומים במרוקו, זנזיבר ובארצות אחדות בדרום מזרח-אסיה, כמו בהודו, בסין, בורמה ובתאילנד ביחד עם ד"ר ירון סרי. מחקר חלוצי נוסף הוא תיעוד הרפואה המסורתית של יוצאי אתיופיה בישראל, שנערך בשיתוף גב' דקלה דנינו-אנסבכר הכולל שיטות טיפול וסממני מרפא יחודיים. המחקר מבוסס על בעיקר על תשאול מידענים, כחמישים חנויות תבלינים ועל שני סיורי שטח, שנערכו בארץ המוצא באתיופיה. במסגרת המחקר האתנו-פרמקולוגית הוקם אוסף השוואתי, יחיד במינו בעולם, הכולל מאות רבות של חומרי מרפא, קטורת ובושם הנזכרים במקורות הקדומים.
שני מחקרים נוספים גדולים שנערכו עם פרופ' אפרים לב היו על מרשמי הרפואה שנמצאו בגניזה הקהירית ומאפשרים לעמוד על הפער בין הרפואה הפרקטית לרפואה התיאורטית כפי שמופיעה בחיבורי הרפואה של ימי הביניים. מחקר אחר עסק בהפצת סממני מרפא, תבלין ובושם חדשים שהופצו בעקבות כיבושי הערבים.
בנוסף לכך עסקנו במגוון סוגיות הקשורות לרפואה הקדומה והמסורתית, כגון: "תריאק" – נסיוב כנגד הכשות נחשים ורעלים אחרים, תרופות להגברת הזיכרון, צמח האדמונית ומחלת הנפילה כדוגמה לסגולה רפואית.
מבחר פרסומים
סקר היסטורי של חומרי הרפואה של "אלשאם" בימי-הביניים, הוצאת ארץ, אוניברסיטת תל-אביב (קטלוג עברי-אנגלי, 66 עמודים), תל-אביב תש"ס (בשיתוף עם אפרים לב).
שמירת הבריאות להרמב"ם: פירושו של ר' יעקב צהלון הרופא להלכות דעות פרק ד, נוה-צוף תשס"א.
ספר הקטורת, הוצאת ארץ, אוניברסיטת תל-אביב, תל-אביב תשס"ב
סממני המרפא המסורתיים בארץ-ישראל, הוצאת ארץ, אוניברסיטת תל אביב, תל-אביב תשס"ב (בשיתוף עם אפרים לב).
במה מדליקין, תל-אביב תשס"ג (בשיתוף עם אביבית שוויקי).
פרי מגדים לר' דוד די-סילוה הרופא מירושלים, הוצאת יד יצחק בן-צבי, ירושלים תשס"ד.
רפואה מעשית לרבי חיים ויטאל: מרפא בארץ-ישראל וסביבותיה, הוצאת המדור לתולדות הרפואה, אוניברסיטת בר-אילן, ירושלים תשס"ז (בשיתוף עם יעל בוכמן).
אתיופיה בישראל: רפואה ותרופות מסורתיות של קהילת יוצאי אתיופיה, יד יצחק בן צבי והאוניברסיטה העברית, ירושלים, תשע"ג (בשיתוף עם דקלה דנינו).
החן שבאבן: אבני החושן ואבנים טובות בעולם הקדום, הר ברכה תשע"ז.
רבנו משה בן הרמב"ם, ספר הסמים וההישמרות מפני הסממנים הקטלניים, קרית אונו תשע"ט (בשיתוף עם ירון סרי).
ספר הרפואות של אסף הרופא: המאמר על תכונות המזונות, קרית אונו תשפ"ב.
ספרים באנגלית
Z. Amar, The History of Medicine in Jerusalem, Archaeopress, Oxford 2002.
Lev & Z. Amar, Practical Materia Medica of the Medievale Eastספר הסמים ern Mediterranean According to the Cairo Genizah Brill & Sir Henry Wellcome Series, 7, Leiden 2008.